Trata-se de uma questão de estilo – isto é, de gosto.
Deve é uniformizar-se a opção escolhida, em todos os documentos escritos.
[No Ciberdúvidas, optámos pelas aspas em linha1 (« ») para assinalar as transcrições e pelas aspas elevadas2 (" ") para outras ocorrências (citações dentro das transcrições, palavras ou expressões com sentido metafórico, de realce ou com um qualquer outro significativo, estrangeirismos, vulgarismos, etc.).]
1 Também conhecidas por «aspas latinas» ou, na nova nomenclatura do Dicionário Terminológico (para Portugal), «aspas, simplesmente.
2 Também conhecidas por «aspas inglesas» ou, na nova nomenclatura do Dicionário Terminológico (para Portugal), «aspas altas».